La CPM fue creada por resolución legislativa de la Cámara de Diputados de la provincia de Buenos Aires 2117 de 1999, y ratificada por ley provincial 12.483 del 13 de julio de 2000 y su modificatoria, la ley 12.611 del 20 de diciembre de 2000. Desde marzo de 2001 tiene como sede el edificio donde funcionó la Dirección de Inteligencia de la Policía de la Provincia de Buenos Aires (DIPPBA), señalizado como sitio de memoria por la Secretaría de Derechos Humanos de la Nación en el marco de la Ley Nº 26.691, y gestiona el archivo que registra el espionaje realizado por esta dependencia durante más de 50 años (ley provincial 12.642).

En 2017, a partir de la ley provincial 14.895, se le transfirió a la CPM el edificio ubicado en Garibaldi Nº 650 esquina Allison Bell de Quilmes, donde funcionara la Brigada de Investigaciones, para la creación del Sitio para la Memoria, Defensa y Promoción de los Derechos Humanos – ex Centro Clandestino de Detención Pozo de Quilmes.

El 13 de noviembre de 2019 la Comisión por la Memoria fue designada Mecanismo Local de Prevención de la Tortura en la Provincia de Buenos Aires. La decisión fue tomada por unanimidad en el Consejo Federal de Mecanismos de Prevención de la tortura, según lo establece la ley nacional 26.827 que crea el sistema nacional de prevención de la tortura.