El IEM fue creado por ley en diciembre de 2002 en la Ciudad de Buenos Aires. Su objetivo es la de resguardar la memoria sobre el Terrorismo de Estado a través de documentación en papel, registros audiovisuales y material fotográfico. En el año 2014, el Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires firmó un convenio con el Estado Nacional por el cual se traspasaban los Sitios de Memoria de la ciudad a esta órbita y con ello, el acervo documental del IEM.