La CPM fue creada por resolución legislativa de la Cámara de Diputados de la provincia de Buenos Aires 2117 de 1999, y ratificada por ley provincial 12.483 del 13 de julio de 2000 y su modificatoria, la ley 12.611 del 20 de diciembre de 2000. Desde marzo de 2001 tiene como sede el edificio donde funcionó la Dirección de Inteligencia de la Policía de la Provincia de Buenos Aires (DIPPBA), señalizado como sitio de memoria por la Secretaría de Derechos Humanos de la Nación en el marco de la Ley Nº 26.691, y gestiona el archivo que registra el espionaje realizado por esta dependencia durante más de 50 años (ley provincial 12.642).
En 2017, a partir de la ley provincial 14.895, se le transfirió a la CPM el edificio ubicado en Garibaldi Nº 650 esquina Allison Bell de Quilmes, donde funcionara la Brigada de Investigaciones, para la creación del Sitio para la Memoria, Defensa y Promoción de los Derechos Humanos – ex Centro Clandestino de Detención Pozo de Quilmes.
El 13 de noviembre de 2019 la Comisión por la Memoria fue designada Mecanismo Local de Prevención de la Tortura en la Provincia de Buenos Aires. La decisión fue tomada por unanimidad en el Consejo Federal de Mecanismos de Prevención de la tortura, según lo establece la ley nacional 26.827 que crea el sistema nacional de prevención de la tortura.

Diálogo 2000 se autodefine como un espacio abierto de reflexión y acción colectiva integrado por una amplia diversidad de organizaciones sociales, religiosas y personalidades que se unen para formar una resistencia ante los procesos de globalización neoliberal y por la construcción de una sociedad más justa y solidaria, por los derechos y la integración de los pueblos. Alguna de las personalidades más destacadas que integran el organismo son Nora Cortiñas, de Madres de Plaza de Mayo, el premio Nobel de la Paz Adolfo Pérez Esquivel y la economista norteamericana Beverly Keene. Su conformación se llevó a cabo en el año 2000, durante el cual el organismo formó parte del Tribunal Ético contra la Deuda Externa.

La Federación Latinoamericana de Asociaciones de Familiares de Detenidos-Desaparecidos (Fedefam) es una organización no gubernamental fundada en enero de 1981 en la ciudad de San José, en Costa Rica, e institucionalizada en su II Congreso realizado en la ciudad de Caracas, Venezuela, en noviembre del mismo año. Los países con asociaciones miembros de Fedefam son Argentina, Bolivia, Brasil, Colombia, Chile, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Paraguay, Perú, Uruguay.
Fedefam tiene estatus consultativo en categoría II ante el Consejo Económico y Social de las Naciones Unidas.

El Espacio Memoria y Derechos Humanos surge a partir del convenio firmado en 2004 entre los gobiernos de la Nación y de la Ciudad de Buenos Aires para su creación en el predio que funcionara anteriormente la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA), el cual fue utilizado como centro clandestino de torturas durante la última dictadura militar argentina. En sus instalaciones se realizan actividades vinculadas con la defensa de derechos humanos a través de propuestas artísticas, museográficas y educativas. Incluye espacios de investigación y conservación del acervo documental y archivístico de la Argentina con énfasis en la temática del terrorismo de Estado.
El ente está compuesto por un Órgano Ejecutivo tripartito integrado por representantes del Directorio de Organismos de Derechos Humanos, del Poder Ejecutivo Nacional y del Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.